国税发[2009]31号文件，全称为《国家税务总局关于印发〈房地产开发经营业务企业所得税处理办法〉的通知》，是中国国家税务总局在2009年发布的指导性文件。该文件详细规定了房地产开发企业在计算和缴纳企业所得税时应遵循的规则与方法，对于规范房地产行业的税务管理，确保税收公平具有重要意义。

文件主要涵盖了以下几个方面：

1. 成本核算：明确了房地产开发过程中各项成本费用的确认原则和计量方法，包括土地成本、建筑安装工程费、基础设施建设费等。

2. 预售收入的税务处理：规定了开发商在未完成全部开发工作之前预收房款时如何进行税务处理，强调了预售收入应按照权责发生制原则确认为当期收入。

3. 完工百分比法的应用：对于大型或复杂项目，允许采用完工百分比法来确定应纳税所得额，这有助于更准确地反映企业的经营成果。

4. 特殊交易事项的税务处理：针对股权转让、合并分立等特殊情况下的税务处理进行了具体说明。

5. 税务风险管理：强调企业应当建立健全内部控制系统，加强税务风险防范意识，定期开展税务自查自纠活动，确保合规经营。

该通知的出台，不仅为房地产开发企业提供了明确的税务指引，还促进了整个行业健康发展，增强了市场透明度，对于维护国家财政稳定、促进房地产市场健康有序发展起到了积极作用。同时，也提醒相关企业要严格遵守税法规定，合理规划税务筹划，避免因不合规操作而产生的法律风险。